A ZÖLD NINDZSA Lord Garmadon eltűnt mind a négy arany fegyverrel, és most ő irányítja a Serpentine törzset. Eközben a nindzsák felgyorsítják a fiatal Lloyd kiképzését, hogy elég erős legyen Lord Garmadon legyőzéséhez a végső párviadalban. Azért, hogy gonosz erőkre tegyen szert, Lord Garmadon elmegy az Arany csúcsokhoz, hogy átalakítsa a négy arany fegyvert a teremtés fegyverévé – a Mega fegyverré. Most, hogy kezében van a Mega fegyver, Lord Garmadon sikeresen életre kelti a nindzsavadász lényt, a „Grundal“-t, és ezzel a nindzsákat egy korábbi állapotra veti vissza. Amikor egy bűvös teával visszaváltoztatja őket tinédzserekké, Lloyd sem gyerek már többé. Lloyd feláldozza a fiatalságát, hogy Zöld Nindzsaként beteljesítse küldetését. A Mega fegyver lehetővé teszi Lord Garmadonnak, hogy visszamenjen az időben, hogy megakadályozza a nindzsák csapatának létrejöttét. A nindzsák követik Lord Garmadont a múltba, hogy ismét létrehozzák azokat az eseményeket úgy, ahogy azok megtörténtek. Azonban van egy jelentős eltérés: az arany fegyverek és a Mega fegyver megsemmisítése. Egy robbanás a fegyvereket kirepítette az űrbe. Lord Garmadon négy kezének hatására a titokhatos Sötét sziget a mélyből ismét kiemelkedik a felszínre. Egyre közeledik a végső összecsapás ideje, de Lloydot aggodalommal tölti el, hogy legszívesebben elkerülné az apjával való szembeszállást. A Nagy Pusztító mérge, az egyetlen dolog, ami megmaradt ebből az ősi fenevadból, életre kelti az elpusztíthatatlan Kőhadsereget. Legyőzésük egyetlen módja a nindzsák számára, ha megszerzik saját elemi erőiket a fény templománál. Itt, a nindzsák megszerzik saját elemi pengéiket, Lloyd pedig szert tesz a Felülmúlhatatlan Spinjitzu mester erejére. A Sötét szigeten Lord Garmadon megépíti a Garmatront, a felülmúlhatatlan fegyvert, amely sötét anyagból készül. A Sötét Úr megvalósítja tervét és átveszi a hatalmat. Összefogja mérni erejét Lloyddal a végső ütközetben. Amikor minden elveszni látszik, Lloyd szabadjára engedi új erejét és átalakul Arany nindzsává. Megsemmisíti a Sötét Urat, és helyre állítja az egyensúlyt. Ennek következtében Garmadon vénáiból teljesen eltűnik a gonoszság, és ettől a pillanattól kezdve ő már a jó Garmadon mester. De hová tűnt a Sötét Úr? A Sötét szigeten Lord Garmadon megépíti a Garmatront, a felülmúlhatatlan fegyvert, amely sötét anyagból készül. A Sötét Úr megvalósítja tervét és átveszi a hatalmat. Összefogja mérni erejét Lloyddal a végső ütközetben. Amikor minden elveszni látszik, Lloyd szabadjára engedi új erejét és átalakul Arany nindzsává. Megsemmisíti a Sötét Urat, és helyre állítja az egyensúlyt. Ennek következtében Garmadon vénáiból teljesen eltűnik a gonoszság, és ettől a pillanattól kezdve ő már a jó Garmadon mester. De hová tűnt a Sötét Úr?