Az első magyar egyetemek története a 14. században kezdődött. A legrégebbi magyar egyetem, a Pécsi Egyetem alapítása 1367-ben történt. A Pécsi Egyetem elsősorban teológiai képzést kínált, de más tudományterületeket is oktattak, mint például a jogot és a medicinát.
Az 1465-ben alapított Kolozsvári Egyetem, a mai Cluj-Napoca egyetem volt az első magyar nyelvű egyetem, ami oktatott jogi és teológiai tudományokat.
A 15. században alakult ki a felsőoktatás rendszere Magyarországon, amelynek legfontosabb elemei a pápai egyetemek, a főiskolák és a kollégiumok voltak. A főiskolák a felsőoktatás egyik fontos elemét képezték, amelyek a teológiai, jogi és orvosi képzést kínálták.